I 1961 gjennomgikk departementet to endringer som fikk konsekvenser for arkivene. Departementet gikk over fra å arkivere sakene på kontornivå, til å arkivere sakene på avdelingsnivå. Den andre endringen var at departementet skiftet fra emneinndelt arkivnøkkel, til arkivnøkkel basert på desimalsystemet. Departementet tok i bruk Fellesnøkkel for statsforvaltningen.

Kirkeavdelingen har avlevert kopibøker og journaler, samt sakarkiv og arkivnøkler for perioden 1962-1986. Enkelte serier har vært holdt utenom sakarkivet. De er ennå ikke avsluttet og heller ikke avlevert. De viktigste serier som er beholdt i departementet (stort sett i Kultur- og kirkedepartementet) (april 2004) er følgende: Personalarkiv. Personalmapper avgåtte prester. Søknader (se også Undervisnings- og forskningsdepartementet). Ordinasjoner 1962-1986 (Undervisnings- og forskningsdepartementet). Utnevninger. Avskjeder (Undervisnings- og forskningsdepartementet). Embetsforhold. Høringer (enkelte). Kirkefond (Undervisnings- og forskningsdepartementet). Prestegjeldserie

Fra 1963 fulgte Kirkeavdelingen Felles klassifikasjonssystem (arkivnøkkel) for administrative fellessaker i statsforvaltningen. De egenadministrative arkivsakene er arkivlagt og stilt opp etter denne arkivnøkkelen. En egen nøkkel er benyttet for fagsaker. Følgende varianter av arkivnøkler ble brukt av Kirkeavdelingen i perioden 1962-1986: nøkkel I, nøkkel II. I tillegg er det vedlagt et eget ark over kodene for institusjonens eget budsjett i arkivnøkkelen (113). Det usikkert når akkurat denne inndeling er brukt. Du finner arkivnøklene under serie Z Referansemateriale.

Arkivet inneholder en del materiale om restaureringsarbeidet til Nidaros domkirke. Serien om fødselsregister og kirkebøker inneholder korrespondanse med publikum angående navn og fakta i forbindelse med fødsels- og kirkebokregistrering. De sistnevnte sakene er klausulert i 60 år, men det vil kunne søkes adgang til sakene. Inngang til saken går for eksempel via journalen. Adgang gis til part i saken og forskningsformål.